Lleolwyd 1 MD1 y Weinyddiaeth Amddiffyn yn "The Firs", yr Eglwys Newydd.
Roedd hwn hefyd yn cael ei adnabod fel "Winston Churchill's Toyshop", sefydliad ymchwil a datblygu arfau Prydeinig o'r Ail Ryfel Byd. Byddai llawer o'r dyfeisiadau hyn yn cael eu defnyddio gan yr SOE a'r Unedau Ategol. Y ddau ffigwr allweddol oedd Major Millis Jefferis a Stuart Macrae.
Dechreuodd MD1 yn y "Military Intelligence Research" (MIR). Roedd yr MIR yn adran o'r Swyddfa Ryfel a sefydlwyd ym 1939 dan yr Is-gyrnol Joe Holland, AG. Holland oedd y Swyddog Staff Cyffredinol Gradd 1 (GSO1) a daeth â Jefferis, hefyd yn arbenigwr sapper (RE) a ffrwydron, fel GSO2 i arwain MIR(c) adran o MIR a oedd i ddatblygu arfau ar gyfer rhyfela afreolaidd. Gan fod angen magnetau arbennig arno, daeth Jefferis â Macrae i mewn i ddechrau fel contractwr allanol ond yn ddiweddarach i gael ei ddwyn i mewn i lifrai a gwasanaethu fel ei ddirprwy.
Dechreuodd MIR(c) mewn ystafell yn y Swyddfa Ryfel, a sicrhaodd Macrae swyddfeydd a gweithdy yn IBC, perchnogion Radio Normandie, yn Llundain. Yn dilyn cyrch awyr, atafaelwyd plasty mawr "The Firs", (yn ffodus ail gartref Uwchgapten gwladgarol) ac adleolwyd y cynllun a'r gweithdai yno, yn yr Eglwys Newydd ger Aylesbury yn Swydd Buckingham yn agos at y Prif Weinidog yn Chequers.
Yno datblygon nhw ac i raddau cynhyrchwyd arfau rhyfel. Yn ystod y rhyfel ffoniaidd, bu MIR(c) wrthi'n datblygu'r mwynglawdd arnofiol a oedd ei angen ar gyfer Ymgyrch Royal Marine arfaethedig Churchill a oedd â'r nod o amharu ar longau Almaenig yn eu dyfrffyrdd mewndirol trwy ollwng y mwyngloddiau hyn i'r afon yn Strasbwrg. Lobiodd Churchill am gydnabyddiaeth i Jefferis, gan awgrymu dyrchafiad. Pan gyfunwyd MIR â gweithgareddau eraill i ffurfio'r Weithrediaeth Gweithrediadau Arbennig, daeth MIR(C) yn lle hynny ym mis Tachwedd 1940 yn adran yn y Weinyddiaeth Amddiffyn; i bob pwrpas dan adain y Prif Weinidog, Churchill a oedd yn Weinidog Amddiffyn.
Fel Arglwydd Cyntaf y Trysorlys hefyd, gallai Churchill ddarparu cyllid. Byddai Churchill, yr Athro Lindemann a'r Cadfridog Ismay (prif ymgynghorwyr gwyddonol a milwrol Churchill yn y drefn honno) yn amddiffyn MD1 rhag y Weinyddiaeth Gyflenwi a'r Bwrdd Ordnans y buont yn tresmasu ar eu meysydd. Y Weinyddiaeth Gyflenwi oedd yn gyfrifol am y weinyddiaeth ond y Cabinet Rhyfel oedd yn rheoli. Dyrchafwyd Jefferis yn Lt-Col a Macrae yn Uwchgapten.
Roedd staff eraill yn MD1 yn cynnwys Stewart Blacker a ddaeth i mewn ar ôl i'w Blacker Bombard, a ddyfeisiwyd yn breifat, gael ei gyflogi'n swyddogol ar gyfer datblygiad swyddogol. Gyda diwedd y rhyfel a dileu Churchill o'i swydd, cymerwyd MD1 drosodd gan y Weinyddiaeth Cyflenwi a'r sefydliad ymchwil Arfau yn Fort Haldane gyda'r canlyniad iddo gael ei ddiddymu. Teimlai Macrae fod hon yn weithred o ddial gan y rhai oedd wedi ei gwrthwynebu a'r Athro. Aeth peiriannau cynhyrchu i'r Rocket Propulsion Establishment yn Westcott, i bob pwrpas i'w sgrapio. Derbyniodd Jefferis apwyntiad i Fyddin Pacistan.
